Center for Pharmacogenomics blev oprettet i 2004 på basis af en fem-årig bevilling på 25 millioner kroner fra forskningsprogrammet 'Større Tværgående Forskergrupper'. Centret er endvidere i 2006 blevet etableret som et 'cluster' ved Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet, Københavns Universitet med en bevilling på 10 millioner kroner i perioden 2006-2010.

I Centret indgår 14 danske forskergrupper fordelt på Københavns Universitet, Danmarks Farmaceutiske Universitet, Rigshospitalet, Skt. Hans Hospital, Den Kongelige Veterinær- og Landbohøjskole og Dansk Institut for Sundhedsvæsen. Endvidere indgår H. Lundbeck A/S og Neurosearch A/S som industrielle partnere i centret.

Forskergrupperne repræsenterer tilsammen en bred vifte af kompetencer inden for molekylær farmakologi, molekylær genetik, cellebiologi, fysiologi, bioinformatik, epidemiologi, statistik, klinisk terapi, etik og sundhedsøkonomi.

Centrets overordnede målsætning er at undersøge og beskrive sammenhængen mellem humane gener og lægemidlers effekt med særlig fokus på områderne depression og fedme.